Zawartość
- Co to jest genotyp i fenotyp?
- Wyjaśnienie genotypowania wirusa HIV
- Wyjaśnienie Phenoytyping HIV
- Kiedy przeprowadza się test odporności genetycznej?
W przypadku niepowodzenia leczenia należy wybrać alternatywne kombinacje leków w celu stłumienia tej nowej populacji opornych wirusów. Badanie odporności genetycznej pomaga to ułatwić, identyfikując typy mutacji opornych w „puli wirusów” danej osoby, jednocześnie sprawdzając, jak podatne są te wirusy na możliwe środki przeciwretrowirusowe.
Do badania oporności genetycznej wirusa HIV wykorzystuje się dwa podstawowe narzędzia: Test genotypowy HIV i Test fenotypowy HIV.
Co to jest genotyp i fenotyp?
Z definicji genotyp to po prostu skład genetyczny organizmu, podczas gdy fenotyp to obserwowalne cechy lub cechy tego organizmu.
Testy genotypowe (lub genotypowanie) działają poprzez identyfikację odziedziczonych instrukcji w obrębie kodu genetycznego komórki, czyli DNA. Testy fenotypowe (lub fenotypowanie) potwierdzają ekspresję tych instrukcji pod wpływem różnych warunków środowiskowych.
Chociaż związek między genotypem a fenotypem nie jest absolutny, genotypowanie często może być predykcją fenotypu, zwłaszcza gdy zmiany w kodzie genetycznym prowadzą do oczekiwanych zmian cech lub cech - jak w przypadku rozwoju lekooporności.
Z drugiej strony fenotypowanie potwierdza „tu i teraz”. Ma na celu ocenę reakcji organizmu na określone zmiany presji środowiskowej, takie jak narażenie wirusa HIV na różne leki i / lub ich stężenia.
Wyjaśnienie genotypowania wirusa HIV
Generalnie genotypowanie HIV jest najczęściej stosowaną technologią do badania oporności. Celem testu jest wykrycie określonych mutacji genetycznych w gag-pol region wirusa ” genom (lub kod genetyczny). Jest to region, w którym odwrotna transkryptaza, proteaza i integraza - cele większości leków przeciwretrowirusowych - są kodowane w łańcuchu DNA.
Powielając najpierw genom HIV przy użyciu technologii reakcji łańcuchowej polimerazy (PCR), technicy laboratoryjni mogą sekwencjonować (lub „mapować”) genetykę wirusa przy użyciu różnych technologii wykrywania mutacji.
Te mutacje (lub akumulacja mutacji) są interpretowane przez techników, którzy analizują związek między zidentyfikowanymi mutacjami a spodziewaną podatnością wirusa na różne leki przeciwretrowirusowe. Internetowe bazy danych mogą pomóc, porównując sekwencję testową z sekwencją prototypowego wirusa „dzikiego” (tj. HIV, który nie zawiera mutacji opornych).
Interpretacja tych testów służy do określenia wrażliwości na leki, przy czym większa liczba kluczowych mutacji wpływa na wyższy poziom lekooporności.
Wyjaśnienie Phenoytyping HIV
Fenotypowanie HIV ocenia wzrost HIV osoby w obecności leku, a następnie porównuje go ze wzrostem kontrolnego wirusa typu dzikiego w tym samym leku.
Podobnie jak w przypadku testów genotypowych, testy fenotypowe wzmacniają region gag-pol genomu HIV. Ta część kodu genetycznego jest następnie „przeszczepiana” na klon typu dzikiego przy użyciu technologia rekombinacji DNA. Powstały rekombinowany wirus jest używany do infekowania komórek ssaków in vitro (w laboratorium).
Próbka wirusa jest następnie wystawiana na wzrastające stężenia różnych leków przeciwretrowirusowych, aż do osiągnięcia 50% i 90% supresji wirusa. Następnie stężenia porównuje się z wynikami z kontrolnej próbki typu dzikiego.
Względne zmiany „krotności” zapewniają zakres wartości, według którego określa się wrażliwość na lek. Czterokrotna zmiana oznacza po prostu, że do uzyskania supresji wirusa potrzebna była czterokrotna ilość leku w porównaniu z typem dzikim. Im większa wartość krotności, tym mniej podatny jest wirus na określone leki.
Wartości te są następnie umieszczane w dolnych i górnych przedziałach klinicznych, przy czym górne wartości odpowiadają wyższemu poziomowi lekooporności.
Kiedy przeprowadza się test odporności genetycznej?
W Stanach Zjednoczonych badanie oporności genetycznej jest tradycyjnie przeprowadzane na pacjentach, którzy wcześniej nie byli leczeni, w celu ustalenia, czy mają oni jakąkolwiek „nabytą” oporność na leki. Badania w USA sugerują, że od 6% do 16% przenoszonych wirusów będzie opornych na co najmniej jeden lek przeciwretrowirusowy, podczas gdy prawie 5% będzie opornych na więcej niż jedną klasę leków.
Testy oporności genetycznej są również stosowane w przypadku podejrzenia lekooporności u osób poddawanych terapii. Badanie przeprowadza się, gdy pacjent przyjmuje nieskuteczny schemat lub w ciągu czterech tygodni od zakończenia leczenia, jeśli miano wirusa jest większe niż 500 kopii / ml. W takich przypadkach generalnie preferuje się testy genotypowe, ponieważ kosztują mniej, mają krótszy czas realizacji i oferują większą czułość w wykrywaniu mieszanin wirusa typu dzikiego i opornego.
Kombinacja testów fenotypowych i genotypowych jest ogólnie preferowana dla osób ze złożoną, wielolekową opornością, szczególnie dla osób narażonych na inhibitory proteazy.